L'élimination de déchets représente environ 2 % des émissions totales de GES du canton de Genève. Ces émissions sont générées par le transport des déchets, leur incinération, leur traitement par méthanisation-compostage et la collecte des fractions recyclables. Elles sont donc linéairement liées aux volumes de déchets produits.
Les possibilités techniques permettant de réduire ces émissions sont limitées et la plupart d’entre elles sont déjà mises en œuvre. Dès lors, les meilleurs moyens de réduction sont : la prévention des déchets au travers d'actions structurelles de réduction à la source ; la gestion des déchets au travers d'un tri de qualité et d'un recyclage efficace. Par ailleurs, le traitement des eaux usées dans les centrales d'épuration produit également des déchets, sous forme de boues organiques, incinérées, dont les cendres sont riches en nutriments tels qu'azote et phosphore. Ces résidus du métabolisme humain, contenus dans les urines et dans les selles, représentent un important potentiel de valorisation dans l'agriculture, sous forme d'engrais, dont la production et le transport sont émetteurs de GES.
Le déploiement et l’opérationnalisation à l’échelle territoriale des moyens de prévention et de gestion des déchets passe par le basculement du système économique linéaire qui a prévalu ces dernières décennies à un système circulaire, au sein duquel les activités de production et de consommation reposent sur la réduction des flux de matières (c’est-à-dire moindre utilisation des ressources, allongement de la durée de vie des objets), l'écoconception et l'utilisation de matériaux à faible impact carbone (par exemple, à travers le recours à des énergies propres et des matériaux facilement recyclables) ou encore, la mise en place de boucles de réemploi et recyclage (réemploi, réparation, mutualisation ou récupération des nutriments contenus dans les eaux usées) (cf. Pact’Matière).
En outre, rappelons que les déchets finaux doivent être éliminés sur le territoire genevois au travers de processus de valorisation énergétique ou de stockage définitif (sans danger pour l'environnement et les populations). Enfin, consommation et production de déchets étant intimement liées (la gestion des déchets est en effet tributaire des changements d'habitudes de consommation et des nouveaux produits mis sur le marché), une démarche « zéro-déchet » a l'avantage de concilier une consommation responsable générant moins d'émissions de GES, une production de déchets réduite à son minimum et une circularité maximale.