Le transport professionnel comprend le transport professionnel de marchandises (logistique urbaine et longue distance), le transport de services (artisans) et le transport professionnel de personnes, hors concessions (taxis, autocars...). On estime qu'il réalise entre 5 et 10 % des mouvements de véhicules sur le canton, une partie de ces mouvements étant liée au commerce électronique et à l’acheminement des ventes en ligne, dont le volume s’accroît fortement ces dernières années.
En termes kilométriques, cette proportion est bien plus élevée encore, ce qui rend un effort de décarbonation de la mobilité professionnelle indispensable à l'atteinte des objectifs climatiques. Toutefois, le transport professionnel a souvent moins d'alternatives que le transport individuel et participe directement à la vitalité économique du canton. Les actions du Plan climat cantonal doivent donc prendre en compte ces spécificités, adapter les mesures en conséquence et offrir un accompagnement adéquat. En particulier, les mesures doivent avoir pour objectifs : de favoriser la mutualisation et la massification des flux (avoid), de favoriser le report modal vers des modes moins émissifs pour les trajets qui le peuvent (shift), et de favoriser les motorisations alternatives (improve). L'accompagnement de ces actions aura pour but non seulement de limiter l'impact économique éventuel sur l'activité des professionnels du canton, mais aussi de développer autant que possible les opportunités que la transition de ce secteur peut créer dans les années à venir (mutualisation, modernisation, etc.).